明尼苏达大学双城分校微生物工程理学硕士项目为学生开设两种模式。模式一为研究型，为期2-2.5年，学生需要攻读生物科学与化学工程方面的课程、完成相关研究、在研讨会上做研究成果展示，并完成一门实验课程的学习。模式二为应用型，为期1.5-2年，课程设置与研究型相似，不过学生需进行生物科学与工程领域的实习，实习时间通常是第二升第三学期的夏季。
9月开学，雅思6.5，托福79（阅读19、写作21）
| 课程名 | 英文名 | |
|---|---|---|
| 1 | 高级新陈代谢 | Advanced Metabolism |
| 2 | 生物技术研讨会 | Biotechnology Seminar |
| 3 | 统计分析 | Statistical Analysis |
| 4 | 水与污水处理 | Water & Wastewater Treatment |
| 5 | 生化工程 | Biochemical Engineering |
| 6 | 微生物生态学与应用微生物学 | Microbial Ecology & Applied Microbiology |
| 7 | 微生物基因组学 | Microbial Genomics |
| 8 | 材料与能量 | Material & Energy |
| 9 | 病毒学 | Virology |
| 10 | 生物进程中的系统分析 | Systems Analysis of Biological Processes |
| 11 | 分子生物学与生物技术实验 | Molecular Bio & Biotech Lab |
| 12 | 可再生能源技术调查 | Survey of Renewable Energy Technologies |
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